Kafkas Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi 2017 , Vol 23 , Sayı 3
Sequencing and Phylogenetic Analysis Reveal the Prevalence of Duck Hepatitis A Virus Genotype-3 in Vietnam
DOAN HTT1, LE XTK1, DO RT1, NGUYEN KT1, LE TH1
1Department of Immunology, Institute of Biotechnology, Vietnam Academy of Science and Technology, 18 Hoang Quoc Viet, Cau Giay, Hanoi, VIETNAM DOI : 10.9775/kvfd.2016.16695 Ördek Hepatitis A virüsü (DHAV) dünya çapında ördek palazlarında akut ve oldukça bulaşıcı bir hastalığa neden olmaktadır. DHAV aşısının yaygın kullanımına rağmen Vietnam"da hala birçok salgınlar oluşmaktadır. Bu çalışmada, 2009 ve 2013 yıllarında enfekte ördeklerden elde edilen iki adet DAHV izolatının (NC ve NT) tüm genom sekansı belirlenmiştir ve Vietnam"da mevcut kullanılan atenüe DHAV-1 aşı suşu (VXXT) ile karşılaştırılmıştır. NC ve NT suşları virulent DHAV-3 genotipine ait olup genomları sırasıyla 7791 ve 7790 nükleotid (nt)"ten oluşmaktadır. Her iki genom 6756 nt boyutunda bir büyük açık okuma çerçevesine (open reading frame ORF), sahip olup 2251 amino asit uzunluğunda bir poliprotein kodlar ve a tipik olarak picornavirus genom organizasyona sahiptir. Poliproteinde tahmini C-terminal ayrılma bölgelerinin çoğunluğu Q/S veya Q/G olarak belirlendi. Bütün ORF"nin nükleotid sekansının filogenetik analazi tüm virülent Vietnam suşlarının Çin DHAV-3 suşu ile yakından akraba olduğunu gösterdi. Virülent Vietnam DHAV-3 suşları göreceli olarak DHAV-1 aşı suşu ile düşük nükleotid benzerliğine (%73.5) sahipti. Bu çalışma antijen uyumlu bir DHAV-3 aşısının Vietnam"da acilen kullanılması gerekliliğini göstermektedir. Anahtar Kelimeler : Ördek hepatitis A virüsü, Genotip, Genom, Filogenetik