Kafkas Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi 2020 , Vol 26 , Issue 5
Complete Genome Sequencing of Mycoplasma bovis Type Strain Ningxia-1 and Systematic Bioinformatic Characterization for Housekeeping-related Genes
Peng SUN1, Yong FU2, Qiaofeng WAN3, Mohamed YOSRI4, Shenghu HE1, Xiuying SHEN2
1School of Agriculture, Ningxia University, Yinchuan 750021, CHINA
2Academy of Animal Science and Veterinary Medicine, Qinghai University, Xining 810016, CHINA
3Department of Pathogen Biology and Immunology, Basic Medical Science School, Ningxia Medical University, Yinchuan 750021, CHINA
4Regional Center for Mycology and Biotechnology, Al-Azhar University, Cairo 11751, EGYPT DOI : 10.9775/kvfd.2020.24089 Mycoplasma bovis, sığır solunum hastalığı sendromuna yol açan önemli bir patojendir. Bu patojenin dünya çapında yaygınlığı, sığır eti endüstrisinde büyük ekonomik kayıplara neden olmuştur. M. bovis"in yüzey proteinlerini tanımlamak ve karakterize etmek için önemli çabalar sarf edilmiştir. Bununla birlikte, M. bovis"te deneysel olarak kanıtlanmış housekeeping genleri veya bu genler içindeki motiflerin dağılımı ve sayısı hakkında çok az şey bilinmektedir. M. bovis Ningxia-1 izolasyonu için yeni nesil sekanslama Picbio SMRT teknolojisini kullandık ve biyoinformatik analiz için farklı araçlar (Mega X, STRING v11.0, TMHMM v2.0, MOTIF) uyguladık. Bu çalışma ile M. bovis Ningxia-1 suşu, sekanslanmış tam genomlu başka bir M. bovis suşu ile karşılaştırıldı ve her suşta 24 housekeeping geni tanımladı. Filogenetik ağaç, bu genlerin BLAST sonuçlarına dayanarak M. bovis Ningxia-1 ile NM2012 arasında yakın bir ilişki olduğunu gösterdi. M. bovis Ningxia-1 boyasındaki 24 housekeeping geni içinde, genlerin 3/24"ü (% 12.5) internal kontrol genleri olarak kullanılma potansiyeline sahiptir, proteinlerin 2 seti deneysel ve veritabanı koşullarında kanıtlanmış etkileşim göstermektedir. MetG varsayılan bir transmembran protein olmasına rağmen, diğerlerinin membranın dışında olduğu tahmin edilmektedir. Ek olarak, 7 proteine (% 29.17) dağılmış 6 yaygın motif bulunmaktadır. Biyoinformatik analizimiz, veri madenciliğinde yeni ve tamamlayıcı veriler ortaya koymuş ve M. bovis tipi Ningxia-1 dizileme yoluyla temel genlerin karşılaştırmalarını yapmayı sağlamıştır. Keywords : Mycoplasma bovis, Yeni nesil dizileme, Housekeeping gen, Biyoinformatik analiz