¹Molecular Microbiology, Quality Control Office, Alborz Province Water and Wastewater Company, Alborz - IRI
²Water and Wastewater supply and Treatment Company, Tehran - IRI DOI : 10.9775/kvfd.2016.16303 Bu çalışma ile İran"da tavuk dışkılarından izole edilen Escherichia coli suşlarının DNA temelli tiplendirmesinde BOX-PCR ve (GTG)5-PCR metotlarının klonal heterojenitesi ve yeterliliği araştırılmıştır. Biyokimyasal test ile E. coli tespit edilen kümeslerden dışkı örnekleri toplandı. İzolatların parmakizi BOX-A1 ve (GTG)5 primerler kullanılarak alındı. Dendrogramlar %80 benzerlik baz alınarak üretildi ve ShannonWeaver endeksi hesaplandı. Yüzsekiz E. coli izolatı tavuk dışkı örneklerinden elde edildi. (GTG)5 primer ile yapılan analizde 106 izolatın 2"si tiplendirilemezken 104 izolattan 100 özgün ve 2 duplike profil üretildi. Dendrogram altı küme (G1-G6) oluşturdu. BOX-PCR ile 106 E. coli izolatından 22 tekrarlayan profile ile birlikte 50 özgün BOX profili oluşurken 12 izolat tiplendirilemedi. Oluşan bantlar ve dendrograma göre 106 suş 6 küme (G1-G6) içerisinde gruplandırıldı. Shannon-Weaver endeksi (GTG)5-PCR için 4.665, BOX-PCR için ise 0.281 olarak belirlendi. (GTG)5-PCR; BOX-PCR ile karşılaştırıldığında kompleks klonal heterojenite, daha fazla ayırt edici güç, daha az tiplendirilemeyen izolat, daha yüksek Shannon-Weaver endeksi ve daha az aynı profilli izolat elde edilmesini sağladı. (GTG)5-PCR daha güçlü tiplendirme metodu olmasına rağmen iki veya daha fazla tiplendirme metodunun birlikte kullanılması daha yüksek ayırıcı güç için önerilmektedir. Keywords : BOX-PCR, Tavuk, Klonal heterojenite, Escherichia coli, (GTG)5-PCR, Moleküler tiplendirme