Kafkas Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi
2021 , Vol 27 , Sayı 6
Identification and Phylogenetic Positioning of Salmonella Dublin from Aborted Cattle Materials
1Republic of Turkey Ministry of Agriculture and Forestry, Erzurum Veterinary Control Institute, TR-25070 Erzurum - TURKEY
DOI :
10.9775/kvfd.2021.26315
Bu çalışmanın amacı Türkiye"nin dört farklı şehrinden (Ağrı, Erzincan, Erzurum ve Kars) alınan 367 adet sığır aborte fötus örneklerine ait karaciğer ve akciğer dokuları ile abomazum içeriklerinde Salmonella Dublin"i izole etmek ve moleküler yöntemlerle karakterizasyonunu sağlamaktır. Doku ve içeriklerin uygun inkübasyonu sonrasında Salmonella spp. identifikasyonu yapıldı. DNA ekstraksiyonu için Salmonella spp. şüpheli kolonilere kuru ısı bloğu üzerinde kaynatma metodu, Salmonella spp."ların tür düzeyinde identifikasyonu ve S. Dublin teşhisi için ise multipleks PCR metodu kullanıldı. Multipleks PCR analizi sonucunda S. Dublin"e özgü bant profili gösteren bir izolatın 16S rDNA dizi analizi ile sekanslaması ve filogenetik analizi gerçekleştirildi. S. Dublin identifikasyonu ise BLAST analizine göre ve NCBI GenBank"tan elde edilen benzerlik skorlarına göre yapıldı. Sığır atık fötal örneklerinde S. Dublin"in moleküler prevalansı %0.82 olarak saptandı. İzolatın 16S rRNA sekans bulguları birçok S. Dublin suşu ile benzer olarak bulundu. İzolatın 16S rRNA gen bölgesinin sekansı Genbankasına MZ452230 erişim numarası ve Erzurum VKEM suş ismi ile kaydedilmiştir. Sonuç olarak sığır atık fötusundan S. Dublin tanımlanmış ve 16S rDNA gen bölgesinin dizi analizi ile de S. Dublin"e filogenetik pozisyon kazandırılmıştır.
Anahtar Kelimeler :
Sığır, Salmonella Dublin, Filogenetik, Sekans