This journal is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License
Kafkas Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi
2022 , Vol 28 , Issue 3
In Silico Analysis of the Structural and Functional Consequences of Polymorphic Amino Acid Substitutions in the Cattle HSF1 Protein
1Central Research Laboratory (NABILTEM), Tekirdağ Namık Kemal University, TR-59000 Tekirdağ - TÜRKİYE
DOI :
10.9775/kvfd.2022.27152
Sıcaklık stresi, hayvanların doğurganlık, büyüme, süt üretimi gibi bazı önemli ekonomik özelliklerini olumsuz etkileyerek verimde
azalmaya neden olmaktadır. Isı şoku transkripsiyon faktörü 1 (HSF1) geni, stres yanıtının düzenlenmesinde önemli bir rol oynar. Bu
çalışma, sığır HSF1 geni üzerindeki, en zararlı eş anlamlı olmayan tek nükleotid polimorfizmlerini (nsSNP) in silico analizler ile belirlemeyi
amaçlamıştır. HSF1 geni üzerinde bulunan 170 nsSNP dokuz tahmin programı (PredictSNP, Mapp, PhDSNP, PolyPhen-1, PolyPhen-2,
Sift , Snap, nsSNPAnalyzer ve Panther) ile değerlendirildi. 14 nsSNP tüm tahmin programları tarafından zararlı bulundu. Consurf analizi,
zararlı olduğu tahmin edilen SNP"lerin büyük çoğunluğunun evrimsel olarak korunduğunu belirledi. Proteinin yapısal analizleri, I-Mutant,
Mupro, Hope Project, RaptorX ve Swiss Model sunucuları kullanılarak gerçekleştirildi. Sonuç olarak, sığır HSF1 proteininin DNA bağlama
bölgesindeki 12 amino asit ikamesinin (V15G, F18L, L19R, K21M, I35T, V46E, V56G, F61L, A67D, Y76D, V81G, L112P) oldukça zararlı
olduğu tahmin edildi. P112 varyantının, bir α-sarmal yapısını bozduğu belirlendi. HSF1 proteininin yüzeyindeki iki amino asit değişiminin
(K21M, Y76D), hidrofobiklik, yük ve boyut açısından farklılığa neden olduğu belirlendi. Proteinin, M21 ve D76 varyantlarının, ısı şoku
elementleri ile etkileşimini engelleyerek, ısı şok proteinlerinin transkripsiyonunu azaltabileceği tahmin edildi.
Keywords :
HSF1, Sıcaklık stresi, Sığır, nsSNP, HSP