¹Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, Akdeniz University, TR-07059 Antalya - TURKEY DOI : 10.9775/kvfd.2016.15883 Genom tabanlı ilişki çalışmaları (GTİÇ) kullanılarak çiftlik hayvanlarının verimleri ile ilişkili tekil nükleotid polymorfizmler (TNP) belirlenebilmektedir. GTİÇ"den elde edilecek sonuçlar hem fenotip hem de genotip veri setlerinin kalitesine bağlı olacaktır. Populasyon tabakası, çoklu hipotez düzeltim yöntemleri ve kalite kontol süreçleri yanlış pozitif (veya negatif ) ilişki sonuçlarına yol açabilir. Bu çalışmanın amaçları: bir sığır tüberküloz GTİÇ veri setine 1) değişik kalite ölçütleri ve çoklu hipotez düzeltme yöntemlerinin 2) bazı TNP regresyon yöntemleri ile atasal tabakaların belirlenmesi ve düzeltilmesinin etkilerinin incelenmesidir. Çoklu hipotez düzeltmesi olmadan TNP regresyon modeli ile 2, 7, 8 ve 13. kromozomdan önemli TNP"ler (P<0.001) için belirlendi. Ama çoklu hipotez düzeltmesi Bonferroni düzeltmesi, Hochberg yöntemi ve permutasyon ile gerçekleştirildiğinde genomik sinyallerin önemsiz çıktığı gözlemlendi. Sadece yanlış keşif oranı yöntemi 0.54 seviyesinde zayıf genomik sinyalleri 2, 8 ve 13. kromozomdan belirledi. Çoklu hipotez testlerinde dengesiz bağıntıyı, 2, 4 ve 6 TNP pencere büyüklüğü için modele tanıttık. Pencere büyüklüğü 6 olunca 2, 6, 8 ve 13. kromozomlardan güçlü genomik sinyaller tespit ettik. Bu çalışmanın sonuçları çoklu hipotez test yöntemlerinin yanlış genomik sinyallerin keşfedilmesinde önemli olduğunu ortaya koydu ve doğruladı. Hem türler arası hem de populasyonlar içi varyasyon kaynakları nedeniyle evrensel kalite kontrol ölçütleri önermek oldukça zordur. Bununla birlikte kalıtım derecesi seviyeleri, dengesiz bağıntı, populasyon yapısı ve populasyon büyüklüğü dahil farklı senaryoların varlığında dengesiz bağıntının çoklu hipotez test yöntemlerine etkileri farklı kalite kontrol ölçütleri kullanılarak (özellikle farklı minör alel sıklığı seviyelerinde) GTİÇ için analitik olarak incelenmelidir. Keywords : Genom tabanlı ilişki analizi, Çoklu hipotez test yöntemleri, Kalite kontrol yöntemleri