Kafkas Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi 2023 , Vol 29 , Issue 3
Whole-Genome Sequencing-Based Characterization of Listeria monocytogenes from Food and Animal Clinical Cases
Özkan ASLANTAŞ1, Kaan BÜYÜKALTAY2, Oktay KESKİN3, Ayfer GÜLLÜ YÜCETEPE3, Adem ADIGÜZEL4
1Hatay Mustafa Kemal University, Faculty of Veterinary Medicine, Department of Microbiology, TR-31060 Hatay - TÜRKİYE
2Middle East Technical University, Enformatic Institute, TR-06800 Ankara - TÜRKİYE
3Harran University, Faculty of Veterinary Medicine, Department of Microbiology, TR-63290 Şanlıurfa - TÜRKİYE
4Food Control Laboratory Directorate, TR-63040 Şanlıurfa - TÜRKİYE
DOI : 10.9775/kvfd.2023.28970 Listeriosis, Listeria monocytogenes"in neden olduğu nadir görülen fakat ciddi klinik seyre sahip gıda kaynaklı bir enfeksiyondur. Bu çalışmada, hayvanlardaki invaziv listeriozis vakalarından (n=7) ve farklı gıda örneklerinden (n=21) izole edilen 28 Listeria monocytogenes suşunun karşılaştırmalı tam genom dizileme (WGS) ile analizi yapıldı. Gıda izolatları CC1, CC2, CC3, CC8, CC9, CC20, CC69, CC124, CC155, CC204, ST3002 olmak üzere onbir klonal komplekse (CC) ayrıldı. Meningoensefalit vakalarına ait izolatlar CC1"e ait iken, koyun abortus vakalarına ait izolatlar CC9 ve CC7"e ait bulundu. Tüm izolatlarda fosX, lin, norB ve sul genleri belirlendi. Ayrıca, değişen oranlarda stres ve dezenfektan direncine aracılık eden emrC (n=15), bcrC (n=4), emrE (n=2), qacA (n=1), cadA (n=5) ve cadC (n=1) genleri tespit edildi. Listeria patojenite adası (LIPI)-1 ve LIPI-2 tüm izolatlarda tespit edilirken; LIPI-3 CC1, CC3 ve ST3002"e ait izolatlar ile yakın ilişkili bulundu. LIPI-4 L. monocytogenes izolatlarının hiçbirinde bulunmadı. Inc18(rep25) ve Inc18(rep26) plazmidleri 16 (%57.1) izolatta bulundu. Yirmidört izolatta bir - üç arasında değişen toplam 15 farklı intakt profaj genomu tespit edildi. Bu çalışmada gıda izolatları arasında gıda güvenliği ve halk sağlığı için önemli bir tehdit oluşturan hipervirülent CC1 ve CC2 klonları tespit edilmiştir. Bu bulgular, farklı ortamlarda hipervirülent L. monocytogenes suşlarının sürekli izlenmesinin önemini vurgulamaktadır. Keywords : Gıda, Genetik çeşitlilik, İnvaziv infeksiyon, Listeria monocytogenes, Tüm Genom Sekanslama