Kafkas Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi 2021 , Vol 27 , Issue 6
Identification of LncRNA Expression in the Estrous Cycle of Qira Black Sheep and Its Combination with miRNA Analysis
Xi CHEN1, Hanying CHEN2, Song JIANG1, Hong SHEN1, Xiancun ZENG1
1College of Animal Science and Technology, Shihezi University, 832003 Shihezi, Xinjiang, CHINA
2School of Pharmacy, Shihezi University, 832002 Shihezi, Xinjiang, CHINA
DOI : 10.9775/kvfd.2021.26203 Bu çalışmada, Qira kara koyunlarının ovaryumlarında lncRNA"ların ekspresyonunun araştırılması için materyal olarak östrus siklusunun farklı aşamalarında olan Qira kara koyunları kullanıldı. Total RNA eldesi amacıyla, östrus senkronizasyonunu takiben siklusun dört farklı aşamasından ovaryum dokuları toplandı. Farklı aşamalardaki örnekler, önce RNA-seq teknolojisi kullanılarak genom çapında analize tabi tutuldu, lncRNA"ların hedef genleri birlikte ifade edilme yöntemleri kullanılarak tahmin edildi ve takiben hedef genlerin analizi GO ve KEGG ile gerçekleştirildi. Qira kara koyunlarında östrus siklusu ile ilgili genler, transkripsiyonel farklılıklarının araştırılması amacıyla seçildi. Son olarak, lncRNA hizalamasının Qira kara koyunlarında üreme üzerine etkisini daha fazla analiz etmek için lncRNA-miRNA ve mRNA-lncRNA-miRNA etkileşim ağları kuruldu. Sonuçlar, çeşitli ekspresyon bölgelerinde, 14 lncRNA"nın diöstrusa göre östrusta farklı şekillerde eksprese edildiğini gösterdi ve metöstrusa karşı östrus ve proöstrusa karşı östrus gruplarında lncRNA"ların diferansiyel ekspresyon seviyeleri sırasıyla 18 ve 24 saptandı. GO ve KEGG fonksiyonel zenginleştirme analizleri, farklı şekilde eksprese edilen lncRNA"ların ve bunların hedef genlerinin, esas olarak retinol metabolizması, yumurtalık sterol üretimi ve endosterol biyosentezi gibi üreme ile ilgili fonksiyonlarda yer aldığını gösterdi. lncRNA-miRNA ve mRNA-lncRNA-miRNA"nın kombine analizi sonucu, LNC011583, LNC003443 ve bta-miR-202 gibi üreme ile ilgili genler saptandı, dolayısıyla lncRNA"ların Qira kara koyunlarının üremesinde bir miktar etkisinin olduğu görülebilir. Keywords : Östrus, Ovaryum, LncRNA, Qira kara koyunu